Am 23. August 2006 tauchte Natascha K. in Straßhof bei Wien auf, wo sie Nachbarn aufsuchte, welche die Polizei verständigten. Priklopil soll Ka. unterdessen zuerst gesucht, dann aber die Flucht ergriffen haben. Die Polizei leitete die Fahndung ein und fand Priklopil aber erst am Abend tot auf den Gleisen der Wiener S-Bahn im 2. Bezirk zwischen den Stationen Wien Nord und Traisengasse in Richtung Gänserndorf.
Die polizeilichen Ermittlungen ergaben, dass Priklopil ins Donauzentrum im 22. Bezirk gefahren war und dort sein Fahrzeug abgestellt hatte. Von hier hatte er vom dortigen Informationsstand aus (inmitten der Öffentlichkeit und unter den Linsen der Überwachungskameras) drei Telefonate geführt, von denen aber nur ein Gespräch bekannt ist. Priklopil hatte seinen Freund und Geschäftspartner Ernst H. angerufen und ihn unter dem Vorwand eines Notfalles gebeten, ihn von dort abzuholen. Er habe weder Geld noch Telefon.
Bei seiner ersten Einvernahme am 24. August 2006 erzählte Ernst H., wie er Priklopil vom Donauzentrum abgeholt habe und anschließend mit ihm stundenlang durch die Gegend gefahren sei. Priklopil habe ihm die Geschichte mit seiner angeblichen Flucht vor einer Polizeikontrolle im angetrunkenen Zustand erzählt, aber kein Wort über die Entführung und von Natascha Ka. rund sechs Stunden wären sie umhergefahren, wären einige Male an bestimmten Plätzen stehen geblieben und hätten geredet. Ansonsten aber nur über geschäftliche Belange. Danach, nach diesen besagten rund sechs Stunden, habe sich Priklopil in der Nähe des Praters, Dresdener Straße, absetzen lassen.
Etwas darauf war Wolfgang Priklopil tot.
Die Polizei begann also, ihre systemathischen Befragungen und Untersuchungen durchzuführen. In der Polizeispitze wurde allerdings schnell deutlich, dass der Behörde 1998 schwere Ermittlungsfehler unterlaufen waren. Priklopil war bereits bekannt gewesen, auch war man dem Hinweis des Polizeihundeführers nicht nachgegangen, ja, man hatte diesen nicht einmal einvernommen. Obwohl dieser von den gewissen Neigungen von Priklopil erzählt hatte. Durch die Tatzeugin Ischtar A. hatte sogar das Tatfahrzeug gefunden werden können. Der Chef des BKA, Herwig Haidinger, welcher den Grund für diese grobe Panne intern ermitteln wollte, wurde ausgebootet.
Auf der Pressekonferenz am 25. August 2006 erklärte der neben der damaligen Innenministerin Prokop sitzende Chef der Soko-Burgenland, Generalmajor Koch, dass Wolfgang Priklopil damals ein Alibi besessen habe. Das war gelogen, und Koch wusste es auch. Ganz abgesehen davon, dass es dummes Zeug ist, denn dann muss das Alibi keines gewesen sein oder Priklopil nicht der Entführer.
Wolfgang Priklopil war aber tatsächlich der Entführer, weil die Aussage von Natascha Ka. von der damaligen Zeugin Ischtar A. bestätigt wurde. Sie erkannte den Entführer Priklopil anhand von Fotos eindeutig wieder.
Die Polizeispitze bekam aus dem Innenministerium die Anweisung, die Panne zu vertuschen. 2006 war Wahljahr, man stand kurz vor der Nationalratswahl, und die ÖVP wollte sich unter den Augen der geifernden Medien offenbsichtlich keinen Skandal in ihrem Ressort erlauben.
Der Polizei-Hundeführer P. bekam am 29. August 2006 Besuch von zwei Beamten, aber nicht, um ihn endlich wegen seinem damaligen Hinweis über Priklopil und auch dessen kolportierten Neigungen zu befragen, sondern um ihn auf Anweisung zu verdeutlichen, dass er den Mund halten solle.
Blieb noch die Entführungszeugin Ischtar A., die einen zweiten Mann hinter dem Lenkrad des Entführungsfahrzeuges gesehen haben will. Sie wurde abermals und gleich mehrmals erneut befragt, doch gar nicht, um vielleicht noch weitere Einzelheiten der Entführung in Erfahrung zu bringen, sondern vielmehr, so scheint es, um die junge Zeugin zu verunsichern und sie von der Aussage über einen zweiten Täter abzubringen. Allerdings blieb die Zeugin bei ihrer Aussage.
Es stellt sich die Frage, ob sich die Zeugin Ischtar A. bei ihrer damaligen Beobachtung, die sich ansonsten als zuverlässig erwiesen hatte, geirrt oder gar eingebildet haben könnte. Bis zum heutigen Tag hält die Zeugin an ihrer Beobachtung fest. Sie hatte nach Priklopils Tod anhand von Fotos diesen Mann auch als jenen Entführer identifiziert, der 1998 das Mädchen in das Fahrzeug gezogen hatte.
Diese Zeugenaussage steht natürlich in einem zentralen Punkt der Aussage des Entführungsopfers Natascha Ka. entgegen, die aussagte, dass ihr Entführer alleine gewesen sei. Frau Ka. sagte auch später noch, dass es keine weiteren Täter gegeben und sie keine weiteren Personen „wahrgenommen“ habe.
Und doch war es Frau Ka. selbst gewesen, die bei ersten Befragungen und auch später in ihrem Buch Hinweise auf mindestens einen Mittäter oder wenigstens Mitwisser gegeben hatte.
Nach ihrem Auftauchen bzw. ihrer Flucht am 23. August 2006 in Straßhof wurde Frau Ka. von einer Polizistin gefragt, ob es mehrere Täter gab. „Ich kann keine Namen nennen“, habe Natascha Ka. laut Protokoll geantwortet.
Bei ihrer offiziellen und protokollierten Einvernahme durch die Kriminalpolizei berichtete Frau Ka., dass während der Fahrt unmittelbar nach der Entführung Priklopil auf einen Anruf auf sein Autotelefon gewartet hätte. Der allerdings nicht kam. Außerdem sei Priklopil mit ihr nicht gleich nach Straßhof gefahren, sondern zuerst durch die Gegend, wobei er noch angemerkt haben soll, dass sie, Natascha Ka., bald an andere übergeben werden würde. In einem Wald habe Priklopil dann gehalten, sei ausgestiegen und nervös im Kreis herumgelaufen, so, als würde er angestrengt nachdenken. Dann habe er gesagt, dass „die anderen nicht mehr kämen und er sie woanders hinbringen müsse“. Nun erst wären sie zu seinem Haus nach Straßhof gefahren.
Zudem gab es von Frau Ka. folgende Äußerung:
„Irgendwie kann ich mich dunkel erinnern, dass damals von einer dritten Person die Rede war, der erst meine Schultasche durchsehen müsse, ob ich ein Handy öder Ähnliches – wie z. B. Verteidigungsmittel – dabei hätte.“
Aus diesen Aussagen geht hervor, dass es einen anderen Hintergrund und einen anderen Plan gegeben haben muss. Priklopil war nicht darauf eingestellt gewesen, Natascha Ka. bei sich unterzubringen. Das Versteck unter seiner Garage, wofür es auch immer ursprünglich angelegt worden war, war nicht fertiggestellt bzw. für eine Unterkunft bereit. Es hatte an allem gefehlt. Priklopil musste erst noch eine Matratze aus Wien holen, außerdem Lebensmittel und Toilettenartikel. Außerdem schaffte er noch laut Frau Ka. einen alten Ölradiator in den winzigen Raum, weil es sonst zu kalt gewesen wäre. Dazu kam noch das Problem mit der Entlüftung.
Priklopil hatte hier offensichtlich improvisieren müssen, während die Entführung selbst offenbar geplant gewesen war. Die Polizei fand die bei der Entführung verwendeten Kfz-Kennzeichen, die gefälscht waren. Aber danach muss es, den Angaben der Frau Ka. folgend, aufgrund eines nicht geplanten Verhaltens anderer Person ganz anders gekommen sein.
An dieser Stelle darf man sich fragen, warum nach dem Scheitern des ursprünglichen Planes Priklopil das Mädchen nicht wieder nahe dem Entführungsortes abgesetzt hatte. Natürlich in der Hoffnung, in weiterer Folge von der Polizei nicht ermittelt zu werden. Weil er sich nun entschlossen hatte, sie bei sich zu behalten? Weil man sich kannte und sie ihn dann verraten hätte? Welche Gründe könnte es noch gegeben haben?
Auf jeden Fall musste sich anhand dieser Aussagen ein zwingender Ermittlungsansatz nach Mitwissern oder gar weiteren Tätern ergeben.